某一个体（二倍体生物）任何位点上的两个相同基因来自其父母共同祖先的同一基因的概率。也就是这个个体会是同源纯合子的机会。或定义为个体所由形成的两个配子间的相关系数。近交系数多用F来表示。近亲交配是家畜育种工作的重要手段，它有多方面的用途。但使用过程，又会产生近交衰退现象（见近交）。因此，在育种工作中需要有一个衡量和表示近交程度的数量指标，特别是当采用不规则的近交时。一般用近交个体（近交所生子女）的近交系数来作为衡量近交程度的指标。

个体X的近交系数（F_X）计算公式如下：

近交系数

或简写为

近交系数

式中 n为个体X的父亲通过共同祖先到X的母亲的代数（即箭形系谱图中通过共同祖先连接父母的箭头数）；F_A代表共同祖先本身的近交系数，A是共同祖先；∑为求和符号；p为通径链的总数（i＝1，2，…，p）。通径链在此指从X的父亲通过共同祖先到X的母亲的通路。由于父亲和母亲的共同祖先有时不止一个，而且通过同一共同祖先的通路有时也不止一条，因此需要对每条通径链求（1/2）ⁿ（1＋F_A）的值，然后再相加。

当共同祖先不是近交个体时，由于F_A＝0，上式即简化为：

近交系数

从上述公式可见，共同祖先与父母相隔的代数愈近，或共同祖先愈多，则个体X为非近交后代时，F_X＝0。

近交系数计算示例

半同胞交配所生子女的近交系数

近交系数

F_X＝1/2〔(1/2)²(1＋0)〕＝0.125＝12.5%

全同胞交配所生子女的近交系数

近交系数

附表

F_X＝1/2〔(1/2)²＋(1/2)²〕＝0.25＝25%

亲子交配所生子女的近交系数

近交系数

在此例，102号家畜父母的共同祖先是2号，由102号的父亲5号通过共同祖先2号至102号的母亲2号的代数只有一代，因此

F₁₀₂＝1/2(1/2)¹＝0.25＝25%

共同祖先为近交的后代

近交系数

在本例，47号与36号只有一个共同祖先，即29号。7号只是13号和14号的共同祖先。7号对103号的遗传影响已由29号所代表。因此：

F₂₉＝1/2(1/2)²＝0.125

F₂₀₃＝1/2〔(1/2)²(1＋0.125)〕＝0.14＝14%

在通径链的追溯规则中有一条是：在找连接两个体间的通径链时应避免重复，即一条通链不能两次通过同一个体。故本例中连接47与36的通径链只有一条，即47←29←36，下面两条都不是连接它们的通径链：47←29←13←7→14→29→36与47←29→14←17→13→29→36。

连续两代的全同胞交配

近交系数

附表

F₇＝1/2〔2(1/2)²＋4(1/2)⁴〕＝0.375＝37.5%

不规则的近亲交配

近交系数

连接433与482的通径链只有一条：433←387←267→482，而433←350→387←267→482不是连接433与482的通径链，因为确定通径链的原则之一是：在一条通径链内最多只能改变一次方向。350不是433和482的共同祖先。因此，

F₅₂₆＝1/2(1/2)³＝0.0625

为使个体近交系数的计算结果正确，必须注意做好以下工作：①要有正确的配种记录与系谱材料；②掌握好通径链的追溯规则。在手工计算时，还要求能正确地绘制箭形系谱图。

在某些育种工作（如新品系培育和各种选择试验）告一段落时甚至在进行过程中，常需计算畜群的平均近交系数。最简便的方法是：先求出每个个体的近交系数，再计算其平均值。在使用微机计算时，此法就更简便，即使是个大群体。在拟订某些育种方案时，也常需要预计某个时间可能达到的平均近交系数，这时可采用下述近似公式进行估计：

F_t＝1-(1-ΔF)^t

在随机留种时，

近交系数

在各家系等数留种时，

近交系数

式中 F_t为t世代时群体的平均近交系数；△F为每代近交系数的增量；Nm和Nf分别为能实际配种的公畜数和母畜数。应用上述公式的前提是：畜群闭锁繁殖，随机交配，各代规模不变。

例如一闭锁猪群有6头公猪，50头母猪，采用各家系等数留种方式，6代随机交配后的群体平均近交系数为：

近交系数