指马体被毛（又称短毛）及鬃、鬣、尾、距毛（又称长毛或保护毛）的颜色。毛色常作为识别个体及品种观察的依据。决定毛色的色素细胞中，黑色素使毛呈黑色，含铁色素使毛呈黄色或红色。两种色素颗粒因分布和比例不同，形成各种毛色。毛色受基因的支配，通过色原基因和着色基因相互作用而形成不同的毛色性状遗传给后代。

马的毛色种类较其他家畜多，它和工作能力虽无直接联系，但影响美观。各民族对毛色有不同的爱好，毛色是否光亮也是健康的标志。军马的选择多要求较暗的毛色，便于作战时隐蔽。原始品种的毛色较复杂，通过人工选择和育种，有些品种的毛色趋于一致，但同一品种中也存在多种毛色，除个别品种外尚不能用毛色当成鉴别马品种的特征。顿河马多为金栗毛，但也有少量的骝毛；奥尔罗夫马及贝尔修伦马中青毛占很大比重，但毛色也不完全相同。

马的毛色复杂，名称也不完全一致。中国古书记载的就有20多种。为了便于统一马匹毛色的名称，中国农业部及军马系统先后按毛色的特点进行了毛色分类。常见的毛色可分为：①骝毛。主要特点是长毛及四肢下部（膝关节及飞节以下）为黑毛，被毛为黑褐、红或黄色，分别称为黑骝毛、红骝毛或黄骝毛。红骝毛全身被毛如红枣色，又称枣骝马，为群众所喜爱。②黑毛。全身的被毛及长毛均为黑色，是一种单毛色。由于黑色的深浅不同，又可分为纯黑毛、淡黑毛及锈黑毛。黑毛的毛尖发红如铁锈颜色称为锈黑毛。③栗毛。长短毛的颜色完全一致，由淡黄色至赤红色，可分为黄栗毛、金栗毛、红栗毛、朽栗毛。黄栗毛全身为黄色，俗称黄膘马；金栗毛全身为金黄色，在阳光下闪烁金光，是顿河马特有的毛色；红栗毛全身为红色，俗称赤马；朽栗毛全身为紫栗色，暗无光泽，如朽木的颜色。④青毛。特点是全身长、短毛均由黑、白毛相间，因黑、白毛的比例不同而出现花纹和斑点，又可分为铁青、红青、菊花青、斑点青和白青。铁青毛的黑毛较多、白毛较少，呈深灰色甚至接近黑色；红青是毛稍发红的青毛；菊花青是青毛在肩部、肋部、尻部出现菊花样的圆斑，多在5～9岁时白毛增多的情况下出现，但不是每匹青毛马都会有这一阶段；白青是青毛随年龄增长白毛增多、黑毛减少，甚至全部变成白毛，但皮肤仍为青黑色；斑点青是青毛到老龄时，在白青毛的颜面、颈、尻等部位散生褐色的小斑点。青毛随年龄增长，毛色会发生变化，幼龄时为铁青毛，黑色逐渐减少即变成一般青毛，逐渐变为白青或斑点青，故有“七青、八白、九斑点”之说。⑤白毛。全身长短毛均为白色，皮肤缺乏色素，这是区别于白青毛之处。白毛又可分为纯白毛、污白毛、桃花白毛。纯白毛又称白银河，其皮肤、蹄及眼的虹彩都缺乏色素（俗称玉石眼），区别白青毛之处是皮肤无色素；污白毛的被毛为污黄，长毛为灰白色，蹄色暗；桃花白色毛的被毛略红。⑥沙毛。在暗色毛（不包括黑毛）的基础上散生白毛，包括沙栗毛、沙骝毛、沙兔褐等。⑦兔褐毛。其特点是背部中央有背线（骡线），两侧肩部有黑带（鹰膀）、前膝和飞节以上有斑马纹（虎斑）。根据被毛的颜色又可分为正兔褐、黄兔褐、灰兔褐、青兔褐。被毛呈黄色的称为黄兔褐；被毛呈鼠灰色的为灰兔褐，又称鼠灰毛；被毛青色称为青兔褐。⑧花毛。在暗色毛的基础上，全身（不包括头部及四肢下部）有大小不等的白块，又可根据原毛色分为黑花毛、红花毛、黄花毛、褐花毛等。⑨斑毛。在白毛的基础上，由暗色毛形成蚕豆至拳头大的斑点。白毛部位的皮肤因缺乏色素而呈肉色，以不同于斑点青之处。由于斑点的颜色不同，可分为黑斑毛、褐斑毛、红斑毛等。⑩海骝毛。被毛为草黄色或深黄色，头部往往略带黑色，长毛及四肢下端近乎黑色，鬣毛中部虽是黑色，但其两侧边缘包以黄毛，这也是它不具备骝毛特点之处，在原始草原中常见此种毛色。

马体上局部的特异处称为别征，也是识别个体的标志。包括白章、旋毛、暗章、烙印等，其中烙印是后天的人为标志。白章是指马的头部及四肢下端局部的白斑，如额部有白斑称为“星”，鼻端有白斑称为“白鼻端”，系部有白斑称为“系白”，按其所在部位而称之，在重挽马及骑乘马中常见。凡经过阿拉伯马改良过的马亦多有白章。暗章是指躯干和四肢出现的暗色条纹，如沿背腰上部的线条称为“骡线”（又称“背线”），肩部的条纹称为“鹰膀”，四肢下部横条纹称为“虎斑”（又名斑马纹）。旋毛是在马体各部位所生的旋毛，以其所在部位而命名，如额部的旋毛称为“额旋”，鼻部的旋毛称为“鼻旋”。