饲料在生产、加工、运输、贮存及调制等过程中，残留、混入的各种有毒有害物质，简称为饲料污染。饲料污染可分为化学性污染和生物性污染两大类。

主要包括：

农药

农药污染饲料的途径：①农药在饲用作物中的残留。饲用作物中残留农药一方面是由于施药时使饲用作物直接受到污染，另一方面是由于饲用作物从受污染的环境（土壤、水、空气）中吸收农药。②其他来源的污染。如饲料库内用农药防虫，运输饲料的工具受到污染，含农药的工业废水、废气污染饲用作物，农药使用与保管不当而造成事故性污染等。常见污染饲料而危害畜禽的农药有：有机氯杀虫剂、有机磷杀虫剂、氨基甲酸酯类杀虫剂、有机汞杀菌剂、有机砷杀菌剂、苯并咪唑类杀菌剂、苯氧羧酸类除草剂、均三氮苯除草剂、二苯醚类除草剂、取代脲类除草剂、二硝基胺类除草剂、酚类除草剂以及多种熏蒸剂（如磷化氢类、氯化苦、溴甲烷、二硫化碳等）。

金属毒物

饲料中金属毒物的来源有：①工业生产中含有金属毒物的废气、废水和废渣不合理的排放，以及某些农药、化肥等农用化学物质施用不当，均可引起环境污染，并转入饲料。②某些地区自然地质条件特殊，土壤或岩石中有毒金属元素含量较高，其可溶性盐类广泛存在于天然水中，并通过作物根系吸收进入饲用植物。③饲料生产加工所使用的机械、管道、容器中存在的有毒金属元素，在一定条件下（如饲料呈酸性，机械磨擦等）可通过各种形式进入饲料。对畜禽危害较大的有毒金属元素有汞、镉、铅、砷、铬，还有钼、硒等。这些有毒金属元素随着饲料长期进入机体，可对机体产生一定的毒害作用。如长期摄入被汞污染的饲料可引起慢性汞中毒，产生一系列不可逆性神经系统中毒病变；长期饲用被镉污染的饲料可引起肾小管、酶系统及睾丸的损害与贫血；长期采食被铅污染的饲料可引起慢性铅中毒，使神经系统、造血器官和肾脏受到严重损害；长期摄入被砷污染的饲料可使机体内的酶（特别是含双巯基结构的酶，如丙酮酸氧化酶）失去活性，从而阻碍细胞的正常代谢导致细胞死亡。

其他有毒化合物

包括：①N-亚硝基化合物。是含有＝NNO基的化合物，分为N-亚硝胺和N-亚硝酰胺两类。N-亚硝基化合物在动物体内、饲料及环境中皆可由前体物质（亚硝酸盐及胺类）合成，这些前体物质在饲料中常大量存在。N-亚硝基化合物是一类致癌性很强的化合物。②多环芳烃类（PAH）。是指由两个以上苯环稠合而成的一类化合物，具有致癌性。其中以苯并（a）芘〔B（a）P〕为代表物质。多环芳烃类是一切含碳燃料及有机物不完全燃烧的产物。饲料中多环芳烃类可来源于饲料在烘烤时直接受到污染、饲用作物吸收土壤及水中污染的多环芳烃或受大气飘尘直接污染。③多氯联苯（PCB）。是由一些氯置换联苯分子中的氢原子而形成的油状化合物。日本曾发生被多氯联苯污染的配合饲料引起肉用仔鸡及产蛋鸡大量中毒，症状表现为呼吸困难、精神不振和昏睡，并有肝脏损害。多氯联苯对禽类还有致突变作用。

生物性污染物

主要包括：

真菌及其毒素

包括可使饲料霉变的一般霉菌以及能在饲料中产生毒素的产毒霉菌。前者主要有曲霉属、青霉属、根霉属和毛霉属。后者主要有：黄曲霉、杂色曲霉、赭曲霉、寄生曲霉、构巢曲霉、烟曲霉、扩展青霉、桔青霉、黄绿青霉、岛青霉、圆弧青霉、红色青霉、产紫青霉、斜卧青霉、禾谷镰刀菌、三线镰刀菌、拟枝孢镰刀菌、梨孢镰刀菌、茄病镰刀菌、木贼镰刀菌、藨草镰刀菌、雪腐镰刀菌、粉红镰刀菌、黄色镰刀菌、串珠镰刀菌、尖孢镰刀菌、粉红单端孢霉、甘薯黑斑病菌、黑葡萄状穗霉、纸皮思霉、麦角菌、豆类丝核菌等。真菌毒素目前已知的约有200种，在饲料卫生上比较重要的真菌毒素有：黄曲霉毒素、杂色曲霉毒素、赭曲霉毒素、单端孢霉毒素类（T-2毒素、HT-2毒素、二乙酸藨草镰刀菌烯醇、新茄病镰刀菌烯醇、雪腐镰刀菌烯醇、镰刀菌烯酮-X、二乙酰雪腐镰刀菌烯醇等）、玉米赤霉烯酮、丁烯酸内酯、展青霉素、岛青霉毒素类、青霉震颤素、甘薯黑斑病毒素类（甘薯酮、甘薯醇、甘薯宁、4-薯醇、1-薯醇等）、葡萄状穗霉毒素、葚孢霉素、豆类丝核菌素等。

细菌及其毒素

一些细菌及其毒素污染饲料后，可引起以急性胃肠炎为主要临床表现的细菌性饲料中毒。这类细菌主要有沙门氏菌属、葡萄球菌属、变形杆菌属、致病性大肠杆菌、副溶血性弧菌、韦氏杆菌（产气夹膜杆菌）、肉毒梭菌等。

饲料害虫与仓库害虫

在牧草、蔬菜类饲料等植物上可寄生许多害虫，如蚜虫及各种蝶类的幼虫等。家畜采食时摄入大量的害虫可引起中毒。例如，采食被蚜虫寄生的饲料后可引起皮肤、口腔与胃肠道炎症。采食被蝶类幼虫寄生的植物后，可发生口腔炎、胃肠炎、血尿及运动麻痹。用被玉米钻心虫侵害的玉米秆喂牛，可引起牛衰弱无力及胃肠道炎症。饲料粮在贮藏期间常会寄生粉螨、谷螨、谷象、豆象等害虫，家畜大量食入后可引起口腔炎、胃肠炎等。