由棉壳二孢为害棉株地上部分的一种真菌病害。

美国、朝鲜、日本曾有报道。中国于1951年在西北关中棉区有发生，1954年北方棉区山东、河北、河南、山西、辽宁等省普遍发生，之后该病曾在江苏、上海等地棉田流行。遇合适发病条件的年份，茎枯病是一种突发性病害，严重的可造成死苗。1955年在辽阳严重田块死苗率达80%以上；1957年陕西关中棉区因该病翻种棉田约7万公顷；1974年江苏东台病株率达98%；1976年甘肃省受害棉田达30%～80%，给棉花生产带来巨大损失。

叶片受害，开始产生红色斑点，后扩大呈近圆形病斑，病斑边缘红褐色，中间灰褐色，埋生黑色粒点状分生孢子器；急性型症状是叶片似开水烫状，呈青枯，严重时叶片凋萎；叶柄染病，病斑梭形，紫褐色，中部灰褐色，凹陷，埋生黑色分生孢子器，严重时叶柄脱落；茎秆在上中部的嫩茎上显症，病斑梭形，严重时病部组织撕裂，内皮纤维裸露，茎秆易折；棉铃染病，在铃表呈现圆形病斑，黑色，病害深达内部，腐烂棉絮、棉籽。

病原物为棉壳二孢霉（Ascochyta gossy-pii），属半知菌、球壳孢目。分生孢子器初期埋生植株表皮组织下，成熟后显于表皮上，球形、黄褐色，顶部有微突圆形孔口，壁薄易碎，孢子器大小75～189×82.8～210（微米），内生大量分生孢子。孢子卵圆形或长椭圆形，无色，单胞或双胞，双胞率仅有3%～15%，单胞的两端各有一小油点，分生孢子大小4.5～7.3×3.5～3.8（微米）。

棉种不同，感病程度有异，在相同的栽培条件下，海岛棉发病率高于陆地棉，上海“五四”农场1972年5月调查，陆地棉发病率4.8%，海岛棉发病率32.5%，死苗率5.2%。

病害流行与气候关系密切，在日平均气温20～25℃，持续4～5天阴雨，相对湿度90%以上，病害可在3～5天内发生。此后，每次降温20℃左右、阴雨（雨日2天以上）后3～5天，病害再次出现高峰。发病期间，由暴风雨形成的伤口有利病菌的侵染传播，并出现急性型症状，导致病害大流行。气温回升到28℃以上时，病害受抑制。另外，棉田密度大、氮肥多加重病害的发生。

病菌孢子直接侵染棉株幼嫩组织，蚜虫为害棉株后造成组织的虫伤口，蚜虫的排泄物含有糖类物质，有利病菌侵染繁殖加重病害的发生。蚜虫亦可作为病菌传播介体，加速病害的扩展流行。陕西临潼1983年5月下旬调查，有蚜株率85%～100%，卷叶率42%～85%，茎枯病病株率高达50%～85%。病原菌可在病残体上越冬。连茬棉田茎枯病发生严重；轮茬棉田，尤其是与水稻轮作，菌源量减少，茎枯病发生轻。

采取包括药剂处理种子、轮作倒茬、用无病土育苗等综防技术措施。病害发生后增施肥料，开沟排水，松土增温，治蚜防病。病害流行时选用代森铵、克菌丹、百菌清、福美双、稻瘟净等药剂喷雾，可控制病情的蔓延。