已知甜菜病害有110多种，中国已发现的约30多种，其中褐斑病、根腐病、丛根病对块根产量损失最大。20世纪50年代初中国由于种植前苏联、波兰等感病甜菜品种，东北产区褐斑病大流行。

叶部病害主要有褐斑病（Cercospora beticola Saccardo）白粉病[Erysiphe betae（Vanha）welt-zier]、蛇眼病（Phoma betae Frank）。甜菜黄化病毒病（Beet mild yellowing virus），花叶病毒病（beet mosaic virus），黑斑病（Altenaria spp.）细菌性斑枯病[Pseudomonas aptata（Brown et Jamieson）stevens]，霜霉病（Peronospora schachtii Fuckel]等。

根部病害可分为甜菜镰刀菌根腐病Fusarium solani（Mart.）Sacc.；F.culmorum（Smith）Sacc.；F.oxysporum Schlecht.；F.moniliforme Sheld.F.avenaceum（Corda et Fr.）Sacc.]，茄丝核菌根腐病（Rhizoctonia solani kühn），紫色丝核菌根腐病（Rhizoctonia violacea Tul.），蛇眼菌根腐病（Phoma betae Frank），细菌性软腐病（Erwinia carotovora（Jones）Bergey et al]，腐霉菌根腐病[Pythium aphanidermatum（Eds.）Eitzp.]、菌核菌根腐病（白绢病）（Sclerotium rolfsii Sacc.），细菌性根癌病[Agrobacterium tumefaciens（Smith and Town-send）Conn]及[Pseudomonas tumefaciens（Smith and Townsend）Stevens]，甜菜根结线虫病（Meloidogyne hapla Chitwood），主要分布在湖北、广东、广西、福建等长江以南产区。此外还有窖藏腐烂病，分布普遍，世界各甜菜栽培国均有发生。其病原菌达17种以上。苗病有甜菜幼苗绵腐病（Pythium de-baryanum Hesse），甜菜苗腐病（Aphanomyces coch-lioides Drechsler），甜菜黑斑病（Alternaria tenuis Nees）等较常见。甜菜锈病[Uromyces betae（Pers.）Leveille]检疫性病害，欧美各国普遍分布，多年来，中国引入的甜菜种子中发现携带有锈菌冬孢子，但在田间一直未发现此病。甜菜的非侵染性病害主要是由缺硼引起心腐病，其他还有缺磷缺钾等多种缺素症及采种株的扁苔病等。

甜菜病害主要采取农业措施与药剂防治相结合的综合防治措施。①种植抗、耐病品种是防治褐斑病、根腐病、丛根病的根本措施。②实行合理轮作，至少实行4年以上的轮作。③深中耕加深耕作层，增强通气透水性，促进根系发育。④增施有机肥料及磷钾肥，增强植株抗病力。⑤种子处理：用福美双、土菌消、敌克松等药剂以种子重量的0.8%拌种，能减轻苗期病害的发生。⑥药剂防治：用甲基托布津、多菌灵、灭病威、硫磺粉、毒菌锡等药剂对多种叶部病害都有效。⑦清理田间病残，实行秋季深翻，减少侵染源。