在某些物质作用下土壤酶的活性降低或丧失，但酶的三级结构并未遭显著破坏的现象。具有这种作用的物质称为抑制剂。许多重金属离子、非金属离子以及有机化合物，包括各种杀虫剂、杀菌剂等均具有此一作用。根据抑制剂与酶的作用方式，抑制作用可分为不可逆性抑制和可逆性抑制两大类。前者由于抑制剂与酶蛋白中的活性基团以较牢固的共价键相结合，因而不能用物理或化学方法除去抑制剂使酶恢复活性。后者的特征是，抑制剂与酶蛋白的结合是可逆的，可用透析等方法将二者分离而使酶恢复活性。根据抑制剂与底物的关系，可逆性抑制作用又可分为竞争性抑制、非竞争性抑制和反竞争性抑制3种。竞争性抑制是由于抑制剂在分子结构上与底物相似，因此它能通过与底物竞争酶的活性中心而降低酶的活性。非竞争性抑制的抑制剂虽不影响底物与酶的结合，但由于酶—抑制剂—底物复合物的解裂速度较酶—底物复合物的解裂速度慢或慢得很多，因而使酶的活性降低。反竞争性抑制的抑制剂能与酶—底物复合物螯合而不再分解，从而降低产物的数量。PO^-对磷酸二酯酶和硫酸芳基酯酶的抑制为竞争性抑制；Ag^＋、Hg^2＋、Se^4＋等对酰胺酶的抑制为非竞争性抑制；各种尿素衍生物对脲酶的抑制为混合型抑制。抑制土壤脲酶的活性，降低尿素的水解速率，可减少尿素氮的损失和防止氨对作物幼苗的毒害。很多天然的和合成的物质曾用作土壤脲酶抑制剂，包括一些铜盐（硫酸铜、醋酸铜、甲酸铜）、含硼化合物（硼酸、硼砂）、含氟化合物（氟化钠、氟化钾）、原子量大于50的重金属的盐类、尿素衍生物（甲脲、二甲脲、硫脲、苯脲、t-丁脲、n-丁脲）、甲醛、醌和多元酚等。无机的脲酶抑制剂的抑制效果显著的低于醌和多元酚，且有的具有较大毒性。一些磷胺类化合物（苯基磷酰二胺、N-丁基硫代磷酰三胺）的抑制效果较醌和多元醌更明显。