生活于土壤和苔藓中的真核单细胞动物。形体微小，一般须用显微镜观察。除寄生的孢子虫外，自由生活的原生动物在土壤中均有其代表。已报道的土壤原生动物有300种以上，其中大部分种类属于在土壤和淡水中都能生活的种。土壤中生活的原生动物的身体要比淡水或海水中的种类小一些（多数在100微米以下），大型种类在土壤中少见，因为较小的体形有利于充分利用土壤间隙水和土粒表面的膜状水。最能适应枯枝落叶—土壤生态系统的是到处可见的鞭毛虫类，如屋滴虫（Oikomonas），波豆虫（Bodo），尾滴虫（Cercomo-nas），唇滴虫（Chilomonas）等，它们具有丰富水中有机质的共性，在森林的枯枝落叶层中数量甚多。变形虫类如纳氏虫（Naegleria），简变虫（Vahlkanpfia），哈氏虫（Hartmannella），棘变形虫（Acanthamoeba），扇形虫（Vannella）等是无所不在的，并且通常占土壤原生动物的50%～90%，它们具有柔软的身体，能够进入其它原生动物所不能到达的微小孔隙内。壳变形虫属于交界面上运动的个体，种类数最多，最常见的是三足虫（Trinema），砂壳虫（Difflugia），匣壳虫（Centropyxis），圆壳虫（Cyclopyxis），法帽虫（Phryganella），截口虫（Heleopera），梨壳虫（Nebala），鳞壳虫（Euglypha）等。壳变形虫在干旱的土壤中是稀少的，但在森林和苔原土壤中十分丰富。较大型的纤毛虫在进入微小孔隙时受到一定的限制，因而在土壤中比较活跃的纤毛虫均是小型的种类，其中肾形虫（Colpoda）是最常见的，往往要占土壤中纤毛虫数量的50%～90%。相当一部分土壤原生动物是属于世界性分布的种类，无论是热带、亚热带和温带还是极地土壤中都可发现其存在。但有些地方只有单一的种类，而在另一些地方则包含有极其不同的类型。不同生态环境土壤中原生动物的数量分布是不均匀的，即使在同一地点由于微环境的差异，其数量也会有所不同。就其垂直分布而言，在土壤表层数量最多，尤其是在0～15厘米的土层里，以下各层几乎是成倍减少甚至没有。影响其生态分布的主要因素是土壤微域环境条件，以及有机质，微生物的分布、温度、湿度、通气量、pH等。原生动物在维持土壤微生物的动态平衡上起重要作用。可使养分在整个植物生长季节内缓慢释放，减少因分解过快而淋失，有利于植物对矿质养分的吸收。此外，当固氮菌与豆形虫共存时，其固氮能力比单独存在时高，原生动物还有助于土壤细菌对氮的转化作用、几丁质的分解和二氧化碳的产生。