土壤中一类单细胞或多细胞、含有各种色素的低等植物。其构造简单，个体微小，无根、茎、叶分化。绝大多数为无机营养型，由其含有的叶绿素利用光能将二氧化碳、水和矿物元素合成复杂的有机物；有些藻能在无光条件下直接利用土壤中的有机物质作为碳营养，进行生长繁殖。生殖器官为单细胞。无性生殖产生游动孢子或静孢子；有性生殖为同配、异配或卵式生殖。有些藻类生活史有明显的世代交替现象。常生长在土壤表面或水面。按其形态构造、色素组成、贮藏物质和繁殖方法的不同，分成绿藻门，蓝藻门，硅藻门及黄藻门等。

土壤湿度是影响藻类生存的重要因子，湿度高时藻的数量也多。它们作为一个类群，对环境变化有一定的适应能力，能在碱土和荒芜土壤等不利环境中生存；也出现在高山地区、南极或新近的熔岩流上。有的生长在岩石表面；有的能在土壤深层（如50～100厘米）生存。但其活动主要集中在土表，在0～30厘米深的耕层中，每克土约含藻类细胞5～10万个，有时高达几百万，形成明显的藻华。

蓝藻

Cyanophyta

亦称蓝细菌（Cynobacter-ia），由于它们是原核细胞，现将其归属于原核生物界。个体细胞直径为0.5～60毫微米，许多个体聚集在一起，肉眼可见。其形态为球状或丝状、细胞内含有叶绿素a、藻蓝素和藻红素。因这些色素含量比例会随环境条件的变化而改变，因此，蓝藻呈绿、蓝、红各种颜色。进行光能无机营养。单个营养细胞具有两层细胞壁，外层是外膜，内层是肽聚糖胞壁。细胞壁外由果胶类物质构成的鞘或称荚膜。细胞壁内有细胞膜，类囊体包在膜内。细胞壁包围着原生质体。细胞内含有气泡和核蛋白体以及类内含体。多数蓝藻以细胞分裂繁殖，有些种类形成连锁体或无性孢子，没有性生殖过程，无鞭毛，而借助“滑行”运动。单细胞藻类DNA中的GC百分数为35%～37%。蓝藻常和真菌、苔藓、蕨类和种子植物共生。在pH值低于4时，蓝藻不能生长，其地理分布受到一定限制。具有代表性的属有鱼腥藻属（Anabaena）、念珠藻属（Nostoc）、筒孢藻属（Cylindrospermum）、单歧藻属（Tolypothrix）和颤藻属（Oscillatoria）等。

绿藻

藻体为单细胞或呈多细胞丝状体。细胞壁有内外两层，内层为纤维层，外层为果胶质。细胞内含单核或多核，并有大液胞。绿藻含叶绿素为主，还含有叶黄素和胡萝卜素，因细胞呈草绿色而得名。多数藻具有鞭毛，产生游动孢子或静孢子。无性繁殖主要是细胞分裂和在细胞内形成孢子。有性繁殖主要是通过配子体的结合。绿藻在陆地、水中，从热带到寒带，一年四季到处可见。已知绿藻约有350属，5000～8000种，旱地土壤中以衣藻属（Chlamydomonas）、小球藻属（Chlorella）、纤维藻属（Ankistrodesmus）、绿球藻属（Chlorococcum）、原球藻属（Protococcus）、链丝藻属（Hormidium）和接孢藻属（Zyzgonium）为主。在浅水池或稻田里则以栅藻属（Scenedesmus）、绵绿藻（Spongiochloris）、裂丝藻属（Stichococeus）、丝藻属（Ulothrix）、水网藻属（Hydrodictyon）和水绵藻属（Spiropyra）等为主要种类。

硅藻（矽藻）

为单细胞成群体的藻类。细胞壁含有大量的硅，形成一个由两瓣组成的硅藻壳体，表面有各种各样精细饰纹。细胞内有一个核。它除了有叶绿素a及叶绿素b外，也有β胡萝卜素和多种叶黄素，并以后两种色素占优势，因此，藻体呈黄褐色或黄绿色。硅藻以细胞分裂繁殖，只有少数形成游动孢子。它们具有原始的有性世代。许多种类是全球性分布，最喜欢中性或弱碱性反应，过着浮游或底栖生活，在土壤中也大量生长，其中有些种类还可作为土壤或水质的盐度或酸碱度的指示植物。在土壤中占优势的有曲壳藻属（Achnanthes）、桥弯藻属（Cymbella）、桅杆藻属（Fragilaria）、双菱藻属（Surirclla）、针杆藻属（Synedra）、羽纹藻属（Pinnularia）、舟形藻属（Navicule）、菱形藻属（Nitzschia）和菱板藻属（Hantzschia）等。

此外，常见的土壤藻类还有裸藻——全藻和黄藻等。

藻类能通过光合作用，并摄取土壤中易淋失的矿质养分，组成细胞物质，在土壤中大量繁殖，为土壤积累有机质，特别是它们能定居在受剥蚀、不毛之地或被侵蚀的地带产生新有机质。藻细胞死亡后的有机物质易被分解，常成为土壤中固氮细菌的碳素营养，促进其固氮作用。有些藻类，如固氮鱼腥藻（A.azotica）、林克念藻（N.linkia）和小单歧藻（T.tenuis）等能固定大气中的氮，增加土壤含氮量。红萍是蓝藻和蕨类植物的共生体，在稻田迅速生长，不仅能固氮，而且在光合作用过程中释放分子态氧，有利于根系生长，是一种很有价值的共生固氮体系。地衣是真菌和藻类的共生体，除了能固氮以外，由于它能在岩石上生长，具有对岩石侵蚀和风化的能力，因此在土壤形成和肥力演化中有重要作用。此外，藻类在生命活动过程中分泌出大量粘液，有助于胶结小土粒，成为较大的团聚体，减少土壤冲刷。在个别情况下，藻类植被也会抑制植物幼苗的正常生长。