生活在土壤中菌体多呈分枝丝状菌丝体，少数菌丝不发达或缺乏菌丝的具真正细胞核的一类微生物。多数真菌菌丝体直径为2～30微米，可无限生长，具分隔，将菌丝体分为多细胞，具典型的单核或多核。少数真菌丝体无隔，含多数分散的核，如鞭毛菌亚门和接合菌亚门中的一些种，为多核单细胞。细胞壁主要成分为己糖或氨基乙糖构成的多糖链，如几丁质、纤维素等。菌丝体单生或相聚成束，在土壤中纵横交错，缠绕在土粒或有机物体上。以菌丝体碎片或通过有性、无性孢子进行繁殖。

真菌属真菌界。在土壤中种类繁多，常见种多分属于鞭毛菌亚门（Mas-tigonycotina）、接合菌亚门（Zygomycotina）、子囊菌亚门（Ascomycotina）、担子菌亚门（Basidiomycotina）和半知菌亚门（Deuteromycotina）。其中为数最多、分布最广的是半知菌亚门丝孢目（Hyphomycetales）中的一些属和种；其次是子囊菌、接合菌及鞭毛菌亚门中的一些属和种，后者多见于潮湿土壤或地面水层中有机残体上。担子菌则常见于林下、草地或接近地面的腐木上。土壤真菌数量约为每克土含2～10万个繁殖体。菌丝片段和各种类型的孢子都可作为一个繁殖单位。通常用稀释平板法测得的真菌多半是产孢子多的种类，如青霉（Penicillium）、曲霉（Aspergillus）、木霉（Trichoderma）、芽枝霉（Cladosporium）等。有人用埋片法、琼脂膜法或淋洗法研究真菌在土中分布的结果指出，真菌在土中多以菌丝状态存在。据测定，每克表土中真菌菌丝长度约10～100米，有的可长达500米甚至1000米以上。按菌丝的平均直径为5微米、比重为1.2计算，每公顷表土中真菌菌体重量可达500～5000千克。通常，土壤真菌在数量上远比细菌少，但因菌体远比细菌大，因此，两者菌体重量之比则约为1∶1。可见真菌是构成土壤生物量的一个重要组成部分。真菌是好气性微生物，但部分菌丝可以伸展到缺氧的土体中去。从土壤剖面分布来看，表层多而下层少；通气良好的土中多而渍水的土中少。土壤真菌为化能有机营养型，以氧化含碳有机物质获取能量，是土壤中糖类、纤维素、果胶和木质素等含碳物质分解的积极参与者。其分布与有机物质的数量和成分有直接关系，在植物根际及枯枝落叶层中较多。新加入的有机物质可激发真菌数量骤增，随着有机物分解而导致的成分改变，引起真菌区系变化和种类之间的更替。在远离植物根际或有机残体缺乏的土壤中，往往只含有不足以供应土壤中真菌连续不断生长的少量含碳物质，这种情况下，真菌主要靠孢内代谢或以孢子休眠来维持生存。有些真菌还能以寡食型生存于土中。

真菌具多种水解酶，在土壤有机物质的矿化作用过程中能分解成分复杂的有机残体，把植物不能直接吸收利用的物质转化为简单的可利用态养分。在有氧条件下氧化碳水化合物释放出CO₂；使有机含氮化合物矿化产生NH₃，使有机硫化物矿化产生H₂S，并进一步氧化为；使有机磷化物转化为。在某种条件下，它又可吸收、同化各种可利用态养分，而导致土壤养分暂时固定在其细胞内，与植物发生争夺有效养分的现象。一些土壤真菌还具有使某些元素氧化或还原的能力，例如，能氧化还原态的氮、硫、铁和锰；也可使呈氧化态的这些元素还原。研究得较多的是黄曲霉（Aspergillusflavus）的异养硝化作用。有些真菌具有硝酸还原酶，如构巢曲霉（A.nidulans）；或亚硝酸还原酶，如粗糙脉孢菌（Neurospora crassa），在低氧压下可将亚硝酸还原为氨。不过，有关这方面的报道多半是在纯培养条件下试验的结果，而且其作用速率远比有关细菌为低。尽管如此，人们相信在酸性土壤生态系中真菌的这些作用仍然是不可忽视的。土壤中还广泛分布着能与高等植物共生的菌根真菌，其菌丝可以伸展到植物根毛所不能及的土体中去吸收营养元素，并通过质流传送到植物体内，以此增进植物对养分的吸收。某些真菌能与绿藻或兰绿藻共生形成地衣，在岩石风化和土壤形成过程中起重要作用。有的真菌可捕食线虫或寄生于

昆虫，对害虫起生物防治作用。不少土壤真菌又是医用或农用抗生素及多种酶制剂的产生菌。可以说，土壤蕴藏着大量的真菌资源。另一方面，土中也含有许多能引起人、畜和植物病害的腐生兼寄生的病原真菌，其中有些因具较强的竞争腐生能力，从而得以在土中长期生存并蔓延扩展，给农业生产造成很大威胁，如蚀脉尖镰孢（Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum）引起的棉花枯萎病，丝核菌属（Rhizoctonia）引起的水稻纹枯病等多种作物的土传病害。它们的腐生能力很强，在防治上难度较大。可见真菌在土壤形成、物质转化和肥力发展，以及植物保护中都占有重要地位，与人类生活和生产有着密切的关系。