衡量亲本对其杂种表现影响力强弱的数量指标。最初是根据杂种表现将相应亲本进行分类的一种概念。G.F.斯普拉格和L.A.塔特姆（Tatum）根据玉米育种中评价亲本的需要，进一步将配合力区分为一般配合力和特殊配合力。其中一般配合力（gca）是指一个亲本系统在其所有杂交组合中的平均表现，即：

配合力

式中 g_i是亲本i的一般配合力，是以品种i为共同亲本的一套组合平均值，μ_x是所有组合总平均值。

亲本i和j杂交组合的期望值E（x_ij），可表示为：

配合力

杂交组合中双亲的特殊配合力（sca或S_ij）定义为该组合实测值（x_ij）与根据双亲一般配合力估算的期望值E（x_ij）之间的离差，即：

配合力

将实测数值代入（1）、（2）和（3）式，即可分别估算各亲本的一般配合力和每两个亲本间的特殊配合力。根据这些估值可对亲本系统进行恰当评价。不过，配合力效应都是以离差形式表示的，进行亲本评价时，还要考虑亲本与杂种的实际表现，才能得出全面结论。

假定g_i、g_i和S_ij彼此独立无关，那么，由（4）式可得组合间方差（）：

配合力

式中和分别是父、母本的一般配合力方差，是特殊配合力方差。如果不需要区分父、母本一般配合力方差，则有：

配合力

亦即，组合间方差包含一般配合力方差和特殊配合力方差两部分，这是配合力方差分析的理论依据。

进一步的分析表明，配合力方差与方差的原因成分（V_A、V_D、V_AA等）和近交系数（F）间的关系可表示为：

配合力

可见，当F＝1时一般配合力变异包含全部加性方差和部分加性乘加性上位方差，而特殊配合力变异则包含绝大部分非加性方差。即：一般配合力差异主要由基因的加性效应所引起；而特殊配合力差异则由于基因的非加性效应所致。