孢子具鞭毛、能游动的水生真菌。包括传统分类中的古生菌纲（Archimycetes）和藻状菌纲（Phycomycetes）中带鞭毛的一类真菌。

营养体为单细胞或单细胞具须状体、根状体或具分枝、无隔多核的菌丝。菌丝在营养不良、受伤和产生繁殖器官等情况下，可产生无孔的假分隔。整体产果式或分体产果式。

无性繁殖体为游动孢子囊，内生游动孢子（见图）。游动孢子囊间生、顶生、单生或串生，形状与营养体无显著区分，或有显著区分，呈丝状、球形、卵形、棒形、洋梨形等，脱落或不脱落。分体或整体产果。以原生质割裂方式在游动孢子囊中形成游动孢子，有一根或两根鞭毛，前生、后生或侧生。双鞭毛孢子游动时一根向前、一根向后。根据鞭毛的结构和功能，分为茸鞭型和尾鞭型两种。前者鞭毛呈羽毛状结构，有一长的主轴，沿主轴两侧长有2～3μm长的茸毛，茸毛顶部还生有一至数根更细的小茸毛；后者鞭毛基部坚实，端部细软而有弹性。电镜观察进一步证明尾鞭式鞭毛顶部有很细茸毛，水霉（Saprolegnia ferax）二次游动孢子的尾鞭粗大部分主轴的两侧也生有长0.5μm的纤细茸毛。

游动孢子模式图

有性繁殖主要是游动配子的结合、游动精子和藏卵器的结合、游动配子囊结合及菌丝结合。结合后发育成休眠孢子囊和卵孢子。游动配子可以是同型或异型配子结合，配子囊配合是通过雄配子囊的授精管将雄核转移到雌配子囊——藏卵器中，发育成卵孢子。

鞭毛菌亚门的分类以游动孢子的鞭毛类型、数量和着生位置为主要依据，分为三纲：①壶菌纲（Chy-tridiomycetes），后生单鞭毛尾鞭型游动孢子或能动配子，菌体具假根或形成菌丝，壁常为几丁质，有性生殖结合子为厚壁休眠孢子囊。分4目16科。②丝壶菌纲（Hyphochytridiomycetes），前生单鞭毛茸鞭型游动孢子，细胞壁中除几丁质外，某些种类有纤维素。休眠孢子是由同型配子结合或无性形成，多数种有性生殖还不清楚。分1目3科。③卵菌纲（Oomycetes），双鞭毛游动孢子，茸鞭在前，尾鞭向后。营养体相当发达的菌丝体，细胞壁含纤维素，不含几丁质，有性生殖产生卵孢子，有些卵菌还可进行孤雌生殖。分4目12科。

除少数高等卵菌是两栖或陆生外，大多水生，常称水生真菌，通常发生在各水域中的动、植物体上。腐生、寄生或严格寄生。腐生的往往大量发生在污染水域中，造成水中缺氧，严重影响鱼类生存。生长喜低温高湿，因此地势低洼、排水不良、通风透光差、多雨低温季节和地区普遍发生。如腐霉属（Pythium）的真菌，在春季引起植物苗期猝倒病特别严重，高等卵菌陆生，多为高等植物的专性寄生菌如疫霉、霜霉菌和白锈菌等，是很多重要植物病害如马铃薯晚疫病、各种植物的霜霉病和白锈病的病原菌。