微生物在厌气条件下分解蛋白质，并产生恶臭气体和有毒物质的过程。蛋白质是生物体重要的组成成分，生物死亡后，尸体内所含蛋白质，经微生物氨化作用分解为氨基酸，再进一步通过脱氨基作用，形成氨、有机酸及其他产物。在好气条件下进行氨化作用，形成的产物可被彻底氧化，最后分解为CO₂、水和其他简单化合物，没有臭味，又称为腐解。腐败是在厌气条件下进行的氨化作用，其中间产物不能完全氧化，结果形成很多有臭味和有毒产物，如含硫氨基酸可经脱硫作用产生硫化氢和硫醇；芳香族氨基酸可分解生成氨、吲哚乙酸、吲哚和粪臭素；赖氨酸可经脱羧基作用产生尸胺。

能分泌胞外蛋白酶分解蛋白质进行氨化作用的微生物统称腐败菌，包括：好气性的细菌，如蕈状芽孢杆菌（Bacillus mycoides）、巨大芽孢杆菌（B.mega-therium）、枯草杆菌（B.subtilis）、马铃薯杆菌（B.mesentericus）和蜡状芽抱杆菌（B.cereus）等；兼好气性的细菌，如变形杆菌、假单胞菌等；厌气性的细菌：如腐败梭菌（Clostridium putrificum）、生孢梭菌（Cl.sporogenes）等。此外，尚有很多放线菌和真菌也都有很强的蛋白分解能力。

自然界尸体和食品腐败和腐解均由多种微生物联合作用所致。腐败和腐解作用是自然界物质循环的重要环节。但另一方面可引起食品的腐败，甚至引起中毒。因此，在食品生产中防止腐败是一项重要的卫生指标。

食品腐败过程中，氨基酸经脱氨基、脱羧基等作用所产生的氨和胺类等碱性物质，大多数具有挥发性。因此在鉴定富含蛋白质的肉、鱼等食品的鲜度时，通常将挥发性碱基氮总量（TVBN）作为食品卫生指标，TVBN超过一定限量时，该食品即被认为已腐败。

食品防腐，一般用干燥、冷藏、糖渍、盐腌、或做成罐头食品等方法抑制微生物的生长，罐头食品采用加热或辐射的方法灭菌。