有性繁殖产生子囊孢子的真菌，约有2720属。

除酵母状真菌外，都由分枝的菌丝构成。菌丝有隔膜，隔膜上有小孔道，可使相邻细胞内的细胞物质相互沟通。每一节菌丝细胞通常只含有一个单倍体核。但也有双核、多核或二倍体核。细胞壁成分主要是几丁质，此外还含有氨基酸、蛋白质、甘露糖和葡萄糖等化合物，不含纤维素。菌丝常交织形成疏丝组织或拟薄壁组织。构成各种结构，如子囊果的包被、菌核、子座等。除丝状菌体外，如酵母菌为单细胞菌体，有时这些单细胞菌体互相连接成一串细胞很像菌丝，称假菌丝体，还有些子囊菌在一定条件下呈单细胞菌体，而在另一条件下则形成菌丝体，称两型现象。

无性繁殖方式因种类不同而异。单细胞的酵母菌和少数其他子囊菌可以裂殖或芽殖方式增殖。具菌丝体的大多数子囊菌，一般以分生孢子梗上的产孢细胞，通过不同的芽殖型方式形成各种各样分生孢子，或以菌丝型方式形成节孢子等。

分生孢子梗可以分枝或不分枝、散生或丛生，孢子梗相互聚合在一起组成孢梗束或分生孢子座，分生孢子梗可生于基物表面或聚生在分生孢子盘上，或分生孢子器内。分生孢子单生于分生抱子梗顶端、侧面，或串珠式地形成；单胞、双胞或多胞；圆形、卵形、棍棒形、圆柱形、线形、镰刀形、腊肠形、旋卷形或星形；无色或有色、深或浅。分生孢子萌发产生芽管，很少形成次生的分生孢子。

有性繁殖产生子囊和子囊孢子，其配合方式有四种：①配子囊配合：主要发生在酵母菌，两个单细胞菌体相当于配子囊，质配后立即发生核配，没有双核阶段，而后发展成一个子囊；②精孢配合。小的单核性孢子依靠风、雨水或昆虫携带到受精丝上，进入产囊体进行配合；③体细胞配合。在两根菌丝或两个孢子的芽管之间进行配合；④配子囊接触配合。这是典型子囊菌的配合方式，雌配子囊称产囊体，由多核细胞构成，顶端伸出一根受精丝；雄的称雄器，较小，通常圆柱形。雄器内原生质和核通过受精丝进入产囊体进行质配，产囊体受精后生出一根或多根产囊丝，一般分枝有隔膜，每个细胞内含双核，产囊丝顶端细胞伸长、弯曲成钩状，称产囊丝钩，内中双核同时分裂为4个核，随之形成两个横隔膜，构成3个细胞，顶部和基部细胞单核，中间的称亚顶细胞，又称子囊母细胞双核，进行核配成二倍体核，然后进行减数分裂形成4个单倍体子核，再进行一次有丝分裂产生8个单倍体核。这时子囊母细胞膨大、伸长成为子囊，通过细胞游离形成方式产生8个子囊孢子（见图）。

子囊孢子形状各种各样，呈圆形、椭圆形、丝状等；有单细胞、双细胞和多细胞；表面光滑或有纹饰；无色或有色。子囊通常含8个孢子，每个孢子细胞内含一个单倍体核，也有再次或多次分裂，产生8个以上或少于8个的孢子。

子囊形状有很大差异，从圆形、椭圆形到圆筒形，有柄或无柄。子囊根据囊壁性质可分为原囊壁、单囊壁和双囊壁三类。子囊通常包在一个由菌丝组成的包被内，形成一定形状的子实体称子囊果。子囊果球形、无孔口称闭囊壳；子囊着生在一个盘状开口子囊果内，排成一层称子实层，常有不孕菌丝称侧丝与子囊伴生，这种盘状子囊果称子囊盘，子囊果瓶状、有孔口，称子囊壳；子囊单个，成束或平行地着生于子囊座内，着生子囊的腔称子囊腔，可有一个到多个，有些含单腔的子囊座顶端有溶化的假孔口，很像子囊壳故称假囊壳。子囊果单生或丛生，生在基物表面或埋生在基物内，或先埋生后突破基物表层而外露成半埋生。

子囊的形成过程

子囊菌目前尚无完善的、一致公认的分类系统，传统分类是根据子囊果的有无、类型和子囊的特点进行分纲，《真菌辞典》第七版（1983年）中不再分纲，直接分37个目，其中包括16个目的地衣真菌，这些目的全部或部分是组成地衣的真菌，几乎有一半已知的子囊菌是地衣共生菌。

子囊菌分布十分广泛，海生真菌过去较少研究，陆生子囊菌基物繁多，但不同菌对基物和栖息场所有不同的选择，有些菌甚至要求非常严格，如散囊菌目（Eurotiales）的栉霉（Ctenomyces serratus）只生在禽类的羽毛上；盘菌目（Pezizales）的火丝菌（Pyro-nema confluens）发生在火烧过的土壤上；块菌科（Tu-beraceae）的真菌全部生于地下，形成大形子实体，是珍贵的美味食用菌；动物粪便上的盘菌绝大多数属粪盘菌科（Ascobolaceae）；虫囊菌目（Laboulbeniales）的真菌都是节肢动物的外寄生菌。在人类经济生活中子囊菌也占有重要地位，如紫红曲（Monascus purpu-reus）用于制造黄酒和红豆腐乳；黑曲霉（Aspergillus niger）用于生产柠檬酸和酶制剂；羊肚菌科（Morchel-laceae）的代表羊肚菌是世界上著名的美味食用菌。但马鞍菌科（Helvellaceae）的鹿花菌（Gyromira escu-lenta）俗名假羊肚菌，却是一种使人致命的毒菌；麦角菌目（Clavicipitales）中的麦角菌（Claviceps pur-purea）在麦类谷粒上形成麦角，人误食污染有麦角的面粉会发生麦角中毒。虫草属（Cordyceps）的真菌寄生在鳞翅目昆虫的蛹上，形成了有名的中国药物即冬虫夏草。子囊菌中有些为严重的植物病原菌，如白粉菌目（Erysiphales）和小煤炱菌科（Meliolaceae）的真菌都是专性寄生菌；外囊菌目（Taphrinales）的寄生性也很强，但它们能在人工培养基上生长，其他多数子囊菌为不同程度的兼性寄生菌。其中大家熟知的一些病菌有畸形外囊菌（Taphrina deformans）引起桃缩叶病；榆长喙壳菌（Ophiostoma ulmi）引起荷兰榆病，寄生内座壳菌（Endothia parasitica）严重为害美洲板栗。粉被炭团菌（Hypoxylon pruinosum）在北美曾引起一种毁灭性的杨树溃疡病等。