按病毒性质和亲缘关系所进行的归类和定名。动物病毒的分类，在20世纪40年代基本是以病毒对宿主或宿主某一器官的嗜性为基础。例如嗜神经病毒、嗜内脏病毒、嗜肠道病毒、嗜呼吸道病毒等。到50年代则开始以病毒的理化性质为基础。60年代以后，迅速发展的分子病毒学证明，以病毒的理化性质为基础较以其嗜性为基础更为科学。1971年7月成立的国际病毒命名委员会（ICNV），提出了病毒分类与命名的初步方案。1973年3月ICNV改名为国际病毒分类委员会（ICTV），对原有病毒分类方案进行了某些修改和补充。修改后的分类方案将动物病毒分为科、属和种，对一些情况不明的病毒归入未分类病毒群中，科以上的分类尚无统一意见。病毒科、属，主要依据病毒形态结构特征、化学组成、理化及生物学性质、同源性等来划分；病毒种的分类主要依据免疫学特异性等，综合ICTV近期公布的资料，将动物病毒分为DNA和RNA两大类（表）。

脊椎动物病毒科

此外，尚有些拟议中的病毒科及未分类的病毒和亚病毒。拟议中的病毒科有肝去氧核糖核酸病毒科（hepadnaviridae）、丝状病毒科（filoviridae）、凸隆病毒科（toroviridae）。

未分类病毒及亚病毒有波那病病毒（borna disease virus）、星状病毒（astrovirus）、痒病、传染性貂脑病、震颤病以及克—雅病因子（scrapie，transmissible mink encephalopathy，kuru and creutzfeldt-Jakob diseases-sagent）、类病毒（viroids）、幼儿玫瑰疹因子（roseola infantum agent）等。

动物病毒命名，大部分病毒科以病毒形态学及理化学性质为依据，如冠状、杯状、弹状、嵌砂和小核糖核酸、反录病毒科等；小部分沿用习称，以病变特性及原始发现部位来命名，如疱疹、痘病毒科和肠道、鼻病毒属等。这些“科、属”虽是旧分类命名，但按新分类命名标准衡量，有着牢固基础和稳定性；还有的病毒科以缩写词作为科名，如乳多空、呼肠病毒科等。同时，ICTV做了一些规定，正向拉丁化命名法努力，现有拉丁化名词，凡适用者应予保留，可用缩拼词作为“科、属”的名称，不使用人名，名称应有国际性的意义。病毒属的词尾是“～virus”、亚科的词尾是“～virinae”，科的词尾是“viridae”。

根据ICTV历次公布的病毒分类资料，可将不同类别病毒归纳为以下几个特性：①除痘和虹彩病毒外，DNA病毒，都在宿主细胞核内复制，而所有RNA病毒则在胞浆内装配；②DNA病毒复制时对宿主细胞有不同作用，如大病毒（痘和疱疹病毒）在复制的早期就对宿主细胞起抑制作用；中病毒（腺病毒）对宿主细胞抑制作用较迟；小病毒（乳多空病毒）对宿主细胞几乎无损伤作用；③裸体病毒抗乙醚、耐热、抗酸，而囊膜病毒不抗乙醚、不耐热、不抗酸；④小型DNA病毒对宿主感染范围很窄，中型DNA病毒则相对广些，大型DNA病毒的宿主感染谱最广；⑤不论DNA或RNA病毒，体积越小则所含核酸比重就越大；浮密度越大，则沉降系数就越小；⑥DNA病毒多数都有致癌作用，而RNA病毒除RNA肿瘤病毒外，都不具致癌作用。