以防治目标为衡量标准，对实施防治的结果或供选防治方案的模拟试验进行防治效益的评价，即病害系统管理的功能评价。病害系统管理的目的是使系统运行和使用中以较少的投入获得较大的综合效益，通过效益反馈信息，对系统不断调控和优化，以改进管理，提高病害防治工作的管理水平。度量管理水平的高低、或管理的实际结果与期望目标的差距，必须要进行效益评估，也就是对系统功能的评价。只有建立一套科学合理、切实可行的评估体系和评价方法，才能对病害管理工作的效果、效益进行定量地横向比较，对不同实况和多种方案进行定量的评比择优，不断改进工作，选出最佳方案做出科学决策。

从控制论看，管理是个双路反馈系统。首先要拟定管理目标和指标体系。同时管理结果的评估信息又是调整和修订管理目标和指标体系的依据。两者相互结合形成管理信息系统的双路反馈（见病害系统管理）。反馈的基本形式，是管理结果所形成的经济、生态、社会三大效益的综合效益评价的信息。所以效益评估体系与管理目标的指标体系遥相呼应。实质上，管理目标及其指标体系就是效益评估的衡量准则。

病害管理系统的评估包括两方面，一是对系统结构的评价，二是系统功能的评价。其中功能评价是核心，结构分析可对功能评价作出解释或补充。因此，病害系统管理的评价，主要侧重于功能评价，即对构成该系统输出的功能项经济效益、生态效益、社会效益及其依次组成三大效益的各指标因素的权衡分析和相互关系分析，在其间适当分配权重，通过计算得出一个能反映三大效益的综合效益数值，据此进行方案选优和决策。同时还要评价该系统运行中潜在的风险概率大小。

包括以下5个方面。

①拟定管理目标和总目标量化的指标体系。病害系统管理的总目标是通过各种防治技术的协调运用，将病害造成的经济损失控制在经济允许损害水平以下，保证农作物的优质高产，使经济、生态、社会三大效益的综合效益最佳或满意，同时潜在的经济损失或决策失误的风险概率最小。总目标确定后，根据经济生态学原理，制订使总目标具体化的指标因素，组建指标体系。在确定指标因素和建立指标体系时必须遵循以下几点原则：指标体系应能反映系统运行的全过程及评估的全内容；各指标间具有相对独立性，以便权衡比较和便于给出相应的权重值；考虑指标体系应用时的简便实用性和通用性，使具有广适性的潜能；最下层的因素设置要便于与其他模型衔接。

②建立评估体系。以管理目标及其确定的指标体系为准则，把总目标，综合效益分成经济效益、生态效益、社会效益三个亚目标，再把每一亚目标逐层分解，直到分解成易于衡量的基层指标因素为止。根据各指标因素间的性质和隶属关系组成一个有序的效益评估的指标体系模型。构建这类模型的方法目前都较少研究。

③赋于评估体系中各指标因素以合理的权重值。同时确定最基层因素的量化方法。

④按经济效益、生态效益、社会效益三个亚目标进行单项效益评估，在此基础上进行综合效益评估。

⑤风险分析。对系统管理过程中的经济损失和决策失误进行风险概率的分析。

赵美琦等1990年采用层次分析的原理和方法建立了农田有害生物综防管理系统效益评估体系模型，并在专家多轮讨论和投票的支持下逐层逐个因素给出合理的权重值。见下表。

有害生物综防管理系统植保效益评估的层次分析及各因素权重值

效益评估体系中各层指标因素的权重值是个非常重要而又复杂的问题，受着多种因素的干扰。对于国家、省市、地县、农民或生产者不同层次植保管理决策者而言，赋与各指标因素的权重值都会不同。一般情况下，管理者层次愈低，赋于经济效益的权值愈大。其主要原因是决定于三大效益对各层次管理者反馈强度不同。管理者层次愈低，经济效益的反馈愈直接、作用愈强烈，而生态效益和社会效益的反馈却极为模糊；管理者层次愈高，时空跨度愈大，三大效益的反馈愈有力。因此，对农民和生产者在病害管理系统中单纯追求经济效益，不顾甚至以破坏生态环境为代价的高收入问题，除需国家从政策、法律上予以强制解决外，还应制定各层植保工作的三大效益合理数值的统一标准。使标准和政策一起，起着植保管理工作的导向作用。